《國家稅務總局關于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的公告》（國家稅務總局2012年第57號公告，以下簡稱57號公告）結合2008年匯總納稅政策執(zhí)行以來出現(xiàn)的問題，對原匯總納稅政策進行了部分調(diào)整。

　　主要變化包括：一是明確了總、分支機構都要進行年度匯算清繳申報，共同參與應補退稅款分配。即匯算清繳應補應退稅款按照預繳分配比例分配給總分機構，由總分機構分別就地辦理稅款繳庫或退庫。改變了原政策年度匯算清繳由總機構通過中央國庫統(tǒng)一辦理補退稅款、分支機構不參與就地分享的做法。

　　二是預繳申報及年度匯算清繳中，計算分配比例的“三因素”基數(shù)統(tǒng)一確定為各分支機構上年度的營業(yè)收入、職工薪酬、資產(chǎn)總額。分配比例不再以1月～6月或7月～12月上下半年做區(qū)分，一個納稅年度中，原則上各分支機構的分攤比例預繳與年度匯算清繳一致。

　　三是明確了總分機構查補稅款就地入庫問題，突破了就地監(jiān)管的政策瓶頸。57號公告規(guī)定，總機構的查補稅款，統(tǒng)一計算查增應納稅所得額和應納稅額后，按總機構50%、各分支機構50%入庫；分支機構的查補稅款，按總機構50%、被查的分支機構50%入庫。

　　四是更加細化、規(guī)范了總分機構日常管理及納稅申報需要報送的資料。特別明確了年度匯算清繳申報，總機構及各分機構報送的資料中，不僅包括年度申報表、財務報表、分配表，還需附送各分支機構按附表三《納稅調(diào)整項目明細表》項目參與年度匯算清繳的納稅調(diào)整情況說明。

　　上述政策調(diào)整，對年度匯算清繳最重要的影響在于：總、分支機構年度匯算清繳的申報出現(xiàn)變化。新政策規(guī)定，匯總納稅企業(yè)年度匯算清繳時，由總機構匯總計算年度應納所得稅額，扣除總、分支機構已預繳稅款計算出的應繳應退稅款，按照政策規(guī)定的稅款分攤方法，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。《國家稅務總局關于明確跨地區(qū)經(jīng)營企業(yè)所得稅匯總納稅分支機構年度納稅申報有關事項的公告》（國家稅務總局公告2013年第44號）進一步明確，匯總納稅企業(yè)的分支機構年度納稅申報，用《企業(yè)所得稅月（季）度預繳納稅申報表（A類）》填報，并同時附送《匯總納稅分支機構分配表》。

　　2013年是57號公告發(fā)布后的第一個匯算清繳年度，也是匯總納稅總、分支機構第一次按新政策進行匯算清繳申報，需要掌握以下原則：一是總、分支機構年度申報與預繳申報的申報方式一致；二是各分支機構之間分攤稅款的分配比例，年度納稅申報與當年度預繳申報一致，即統(tǒng)一為上年度各分支機構的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素計算的分配比例；三是年度匯算清繳總、分支機構分別就地辦理稅款繳庫或退庫。