舉例：某房地產(chǎn)開發(fā)公司開發(fā)商住混合樓項(xiàng)目，商業(yè)項(xiàng)目面積1000平方米，普通標(biāo)準(zhǔn)住宅面積為5000平方米，合計(jì)6000平方米。該混合樓項(xiàng)目土地成本為120萬元，房屋開發(fā)成本600萬元，其他費(fèi)用按比例扣除。假如該商業(yè)項(xiàng)目收入為500萬元，普通標(biāo)準(zhǔn)住宅收入為500萬元，合計(jì)1000萬元。營(yíng)業(yè)稅金及附加55萬元。

（1）商鋪和住宅合并一個(gè)單位計(jì)算土地增值稅：扣除項(xiàng)目＝土地成本＋房屋開發(fā)成本＋費(fèi)用扣除10%＋加計(jì)扣除20%＋稅金＝120＋600＋（120＋600）×10%＋（120＋600）×20%＋55＝991（萬元）。

增值額＝收入－扣除項(xiàng)目＝（500＋500）－991＝9（萬元）。增值率＝增值額÷扣除項(xiàng)目×100%＝9÷991×100%＝0.9%.低于50%，適用30%的稅率。應(yīng)納的土地增值稅：9×30%＝2.7（萬元）。

（2）將普通住宅和商鋪分為兩個(gè)清算單位計(jì)算土地增值稅（按面積分?jǐn)偝杀举M(fèi)用）：普通標(biāo)準(zhǔn)住宅扣除項(xiàng)目為＝120×5000÷6000＋600×5000÷6000＋（100＋500）×30%＋27.5＝807.5（萬元）。增值額＝500－807.5＝－307.5（萬元），無增值額不納稅。

商業(yè)扣除項(xiàng)目＝120×1000÷6000＋600×1000÷6000＋（20＋100）×30%＋27.5＝183.5（萬元）；增值額＝500－183.5＝316.5（萬元）；增值率＝316.5÷183.5×100%＝172%，適用50%的稅率；商業(yè)項(xiàng)目應(yīng)納土地增值稅＝316.5×50%－183.5×15%＝130.725（萬元）。

計(jì)算結(jié)果可知，將商鋪和住宅合并計(jì)算土地增值稅為2.7萬元，分開計(jì)算則應(yīng)納稅130多萬元。在實(shí)踐中，對(duì)于同一個(gè)開發(fā)項(xiàng)目中有不同類型房地產(chǎn)的，有的稅務(wù)機(jī)關(guān)允許納稅人自行選擇是否分開核算分別清算繳納增值稅。但新文件第十七條規(guī)定，清算審核時(shí)，應(yīng)審核房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目是否以國(guó)家有關(guān)部門審批、備案的項(xiàng)目為單位進(jìn)行清算；對(duì)于分期開發(fā)的項(xiàng)目，是否以分期項(xiàng)目為單位清算；對(duì)不同類型房地產(chǎn)是否分別計(jì)算增值額、增值率，繳納土地增值稅。

也就是說，納稅人不能將不同類型房地產(chǎn)、分期開發(fā)的項(xiàng)目和不同審批備案的項(xiàng)目合在一起清算，避免平均不同清算單位增值額的現(xiàn)象。

解決了扣除項(xiàng)目的五個(gè)模糊點(diǎn)

（1）計(jì)算扣除項(xiàng)目金額時(shí)，其實(shí)際發(fā)生的支出應(yīng)當(dāng)取得但未取得合法憑據(jù)的不得扣除，且扣除項(xiàng)目金額中所歸集的各項(xiàng)成本和費(fèi)用，必須是實(shí)際發(fā)生的。這一點(diǎn)與房地產(chǎn)企業(yè)所得稅中對(duì)有些成本費(fèi)用可以預(yù)提扣除的規(guī)定不同。

（2）拆遷補(bǔ)償費(fèi)不一定需要取得稅務(wù)發(fā)票，但強(qiáng)調(diào)是否實(shí)際發(fā)生，尤其是支付給個(gè)人的拆遷補(bǔ)償款、拆遷（回遷）合同和簽收花名冊(cè)或簽收憑證是否一一對(duì)應(yīng)。

（3）要求正確區(qū)分開發(fā)成本和開發(fā)費(fèi)用。由于計(jì)算土地增值稅扣除項(xiàng)目時(shí)，開發(fā)成本可以加計(jì)20%扣除，所以，有的納稅人希望加大開發(fā)成本，可能將在期間費(fèi)用中列支的開發(fā)費(fèi)用也計(jì)入前期工程費(fèi)、基礎(chǔ)設(shè)施費(fèi)或開發(fā)間接費(fèi)用，以擴(kuò)大扣除金額，少計(jì)算增值額從而少納稅。因此，稅務(wù)機(jī)關(guān)不允許將開發(fā)費(fèi)用計(jì)入開發(fā)成本中的前期工程費(fèi)、基礎(chǔ)設(shè)施費(fèi)和開發(fā)間接費(fèi)用等。