甲公司原為一家鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)，成立于1956年，經(jīng)過50余年的發(fā)展，已成長為集生產(chǎn)、加工、銷售、科研開發(fā)和投資為一體，擁有職工20000余人，年?duì)I業(yè)收入超過160000萬元的大型企業(yè)集團(tuán)，技術(shù)水平和經(jīng)營規(guī)模均居同行業(yè)領(lǐng)先地位。

    1996年為了和市場接軌，建立現(xiàn)代企業(yè)制度，甲公司以其所擁有的生產(chǎn)設(shè)備、房屋建筑物投資成立乙股份有限公司，全面承接其生產(chǎn)加工、銷售和科研開發(fā)。甲公司僅擁有土地使用權(quán)，轉(zhuǎn)變?yōu)閱我还δ艿耐顿Y公司。2009年1月，出于區(qū)域戰(zhàn)略布局的考慮，甲、乙公司與A集團(tuán)進(jìn)行重組，甲、乙公司分別將所擁有的土地使用權(quán)、房屋建筑物及附著物、機(jī)器設(shè)備等轉(zhuǎn)讓給A公司（非股權(quán)轉(zhuǎn)讓）。甲公司取得土地使用權(quán)所支付的金額為2700萬元 （無其他扣除項(xiàng)目），轉(zhuǎn)讓價(jià)格為11000萬元，乙公司房屋建筑物的轉(zhuǎn)讓價(jià)格為18140萬元。甲公司如何轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)使得所承擔(dān)的稅負(fù)最低。

    方案一：直接轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)

    根據(jù)重組方案，甲、乙公司分別將所屬的土地使用權(quán)、房屋建筑物及附著物直接轉(zhuǎn)讓給A集團(tuán)。轉(zhuǎn)讓過程中所承擔(dān)的稅費(fèi)分別由甲、乙公司承擔(dān)。則該轉(zhuǎn)讓行為甲公司應(yīng)繳納營業(yè)稅、城建稅、教育費(fèi)附加、印花稅和土地增值稅如下：依據(jù)《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于營業(yè)稅若干政策問題的通知》（財(cái)稅[2003]16號(hào)）第三條第二十款的規(guī)定：“單位和個(gè)人銷售或轉(zhuǎn)讓其購置的不動(dòng)產(chǎn)或受讓的土地使用權(quán)，以全部收入減去不動(dòng)產(chǎn)或土地使用權(quán)的購置或受讓原價(jià)后的余額為營業(yè)額。”

    應(yīng)繳納營業(yè)稅：（11000-2700）×5%=415（萬元）

    應(yīng)繳納城建稅、教育費(fèi)附加：415×（7%+3%）=41.5（萬元）

    應(yīng)繳納印花稅：11000×0.5‰=5.5（萬元）

    依據(jù)《土地增值稅暫行條例》及其實(shí)施細(xì)則的規(guī)定：土地增值稅按照納稅人轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)所取得的增值額和規(guī)定的稅率計(jì)算征收。

    轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)扣除項(xiàng)目合計(jì)：2700+415+41.5+5.5=3162（萬元）

    土地增值額：11000-3162=7838（萬元）

    土地增值額占扣除項(xiàng)目的比例：7838/3162≈248%

    應(yīng)繳納土地增值稅：7838×60%-3162×35%=3596.1（萬元）

    應(yīng)繳納企業(yè)所得稅：（11000-2700-415-41.5-5.5-3596.1）×25%=1060.48（萬元）

    綜上，甲公司轉(zhuǎn)讓該土地使用權(quán)應(yīng)納稅費(fèi)合計(jì)為5118.58萬元；轉(zhuǎn)讓利潤為3181.42萬元；總體稅負(fù)率為46.53%。