《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》(國稅發(fā)〔2006〕187號，以下簡稱187號文件)第二條第二項規(guī)定，下列情形主管稅務(wù)機關(guān)可要求納稅人進行土地增值稅清算：1.已竣工驗收的房地產(chǎn)開發(fā)項目，已轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的;2.取得銷售(預(yù)售)許可證滿3年仍未銷售完畢的;3.納稅人申請注銷稅務(wù)登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的;4.省稅務(wù)機關(guān)規(guī)定的其他情況。
　　上述除第三種情形外，通常是針對已銷售房地產(chǎn)項目。對清算后再轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)土地增值稅的處理，187號文件第八條規(guī)定，在土地增值稅清算時，未轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)，清算后銷售或有償轉(zhuǎn)讓的，納稅人應(yīng)按規(guī)定進行土地增值稅的納稅申報，扣除項目金額按清算時的單位建筑面積成本費用乘以銷售或轉(zhuǎn)讓面積計算。單位建筑面積成本費用=清算時的扣除項目總金額÷清算的總建筑面積。
　　實踐中，按照上述處理方法，由于清算后再轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)價格的變化以及清算時點的不同，將導致清算對象的應(yīng)納土地增值稅稅額的變化，造成多繳或少繳稅款的涉稅風險，不符合稅收“固定性”的特征。
　　案例
　　甲房地產(chǎn)公司2009年起開發(fā)了乙項目(作為清算單位，不符合減免稅條件)，可售建筑面積為10萬平方米，截至2012年5月，已售建筑面積為8.51萬平方米，占可售面積的85.1%，稅務(wù)機關(guān)要求該公司辦理土地增值稅清算申報。清算申報資料顯示：取得土地使用權(quán)所支付的金額為6500萬元、房地產(chǎn)開發(fā)成本25000萬元、房地產(chǎn)開發(fā)費用3150萬元，截至2012年5月，已納可扣除的與房地產(chǎn)有關(guān)的稅金2220萬元。該公司2012年6月辦理土地增值稅清算申報(所屬期截至2012年5月)，申報表顯示：轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)收入總額為40000萬元、扣除項目金額合計37068.45萬元(稅金按實扣除，其他項目均按85.1%計算)、增值額為2931.55萬元，增值率為7.9%、適用稅率為30%、應(yīng)繳土地增值稅稅額為879.47萬元。該公司2012年6月~12月均未實現(xiàn)銷售，2013年1月將剩余1.49萬平方米銷售完畢，取得轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)收入10430萬元，繳納與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金578.87萬元。
　　按照187號文件第八條規(guī)定的處理方法計算，單位建筑面積成本費用=清算時的扣除項目總金額(37068.45萬元)÷清算的總建筑面積(8.51萬平方米)=4355.87(元/平方米)，扣除項目金額=清算時的單位建筑面積成本費用(4355.87元)×銷售或轉(zhuǎn)讓面積(1.49萬平方米)=6490.25(萬元)，增值額為3939.75萬元，增值率為60.70%，適用稅率為40%，速算扣除系數(shù)為5%，清算后再轉(zhuǎn)讓應(yīng)納增值稅稅額為1251.39萬元。該項目清算時和再轉(zhuǎn)讓，應(yīng)繳土地增值稅合計2130.86萬元。