2.實(shí)質(zhì)性測(cè)試。實(shí)質(zhì)性測(cè)試應(yīng)該是對(duì)被審計(jì)單位信息系統(tǒng)的程序、數(shù)據(jù)、文件進(jìn)行測(cè)試，并根據(jù)測(cè)試結(jié)果進(jìn)行評(píng)價(jià)和鑒定。進(jìn)行實(shí)質(zhì)性測(cè)試須依賴于符合性測(cè)試的結(jié)果，如果符合性測(cè)試結(jié)果得出的審計(jì)風(fēng)險(xiǎn)偏高，而且被審計(jì)單位有利用信息系統(tǒng)進(jìn)行舞弊的動(dòng)機(jī)與可能，并且被審計(jì)單位又不能提供完整的會(huì)計(jì)文字資料，此時(shí)審計(jì)人員應(yīng)考慮對(duì)會(huì)計(jì)報(bào)表發(fā)表保留意見或拒絕表示意見的審計(jì)報(bào)告。進(jìn)行實(shí)質(zhì)性測(cè)試時(shí)，可考慮采用通過計(jì)算機(jī)和利用計(jì)算機(jī)進(jìn)行審計(jì)的方法，具體包括：
　?、?ldquo;測(cè)試數(shù)據(jù)法”，就是將測(cè)試數(shù)據(jù)或模擬數(shù)據(jù)分別由審計(jì)人員進(jìn)行手工核算和被審計(jì)單位信息系統(tǒng)進(jìn)行處理，比較處理結(jié)果，作出評(píng)價(jià)；
　?、?ldquo;受控處理法”，就是選擇被審計(jì)單位一定時(shí)期（最好是12月份）實(shí)際業(yè)務(wù)的數(shù)據(jù)分別由審計(jì)人員和會(huì)計(jì)電算化系統(tǒng)同時(shí)處理，比較結(jié)果，作出評(píng)價(jià)。
　3.利用輔助審計(jì)軟件直接審查信息系統(tǒng)的數(shù)據(jù)文件。審計(jì)人員可利用現(xiàn)場(chǎng)審計(jì)實(shí)施系統(tǒng)軟件（AO）直接對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換，數(shù)據(jù)查詢，抽樣審計(jì)，查賬，賬務(wù)分析等測(cè)試，得出結(jié)論，作出評(píng)價(jià)。
　?。ㄈ徲?jì)結(jié)論和執(zhí)行階段
　　審計(jì)人員對(duì)信息系統(tǒng)進(jìn)行符合性測(cè)試和實(shí)質(zhì)性測(cè)試后，整理審計(jì)工作底稿，編制審計(jì)報(bào)告時(shí)，除對(duì)被審單位會(huì)計(jì)報(bào)表的合理性、公允性發(fā)表意見，作出審計(jì)結(jié)論外，還要對(duì)被審單位信息系統(tǒng)的處理功能和內(nèi)部控制進(jìn)行評(píng)價(jià)，并提出改進(jìn)意見。
　　審計(jì)報(bào)告完成后，先要征求被審單位的意見，并報(bào)送審計(jì)機(jī)關(guān)和有關(guān)部門。審計(jì)報(bào)告一經(jīng)審定，所作的審計(jì)結(jié)論和決定需通知并監(jiān)督被審單位執(zhí)行。
　?。ㄋ模┊愖h和復(fù)審階段
　　被審單位對(duì)審計(jì)結(jié)論和決定若有異議，可提出復(fù)審要求，審計(jì)部門可組織復(fù)審并作出復(fù)審結(jié)論和決定。特別是被審單位信息系統(tǒng)有了新的改進(jìn)時(shí)，還需組織后續(xù)審計(jì)。
　　二、信息系統(tǒng)的審計(jì)內(nèi)容
　　信息系統(tǒng)與手工會(huì)計(jì)系統(tǒng)不同，它是由會(huì)計(jì)數(shù)據(jù)體系，計(jì)算機(jī)硬件和軟件以及系統(tǒng)工作和維護(hù)人員組成，所以信息系統(tǒng)的審計(jì)內(nèi)容與手工會(huì)計(jì)系統(tǒng)也存在著較大的差別。信息系統(tǒng)審計(jì)的內(nèi)容主要包括以下內(nèi)容：
　?。ㄒ唬?duì)信息系統(tǒng)的內(nèi)部控制的審計(jì)
　　一方面是企業(yè)的內(nèi)部控制能在多大程度上確保信息系統(tǒng)中會(huì)計(jì)記錄的正確性和可靠性，如輸入、輸出的授權(quán)控制，業(yè)務(wù)處理的審核等。另一方面是內(nèi)部控制的有效執(zhí)行能在多大程度上保護(hù)資產(chǎn)的完整性，通過以上兩方面的評(píng)價(jià)，可以判斷企業(yè)內(nèi)部控制系統(tǒng)能在何種程度上防止或發(fā)現(xiàn)會(huì)計(jì)報(bào)表中的錯(cuò)誤及經(jīng)營過程的舞弊。
　?。ǘ?duì)信息系統(tǒng)的處理和控制功能的審計(jì)，也可稱為對(duì)信息系統(tǒng)程序的審計(jì)