學校收費必須給每個學生出具票據(jù)，否則收費行為就是違規(guī)的。很多學校既有免稅收費項目又有應稅收費項目，在收取這些費用時，應區(qū)分不同的項目出具不同的票據(jù)。這里應注意兩點：一是正確使用票據(jù)，二是財務上對應稅項目和免稅項目要分別核算。
　　財稅[2006]3號規(guī)定，“提供教育勞務取得的收入是指對列入規(guī)定招生計劃的在籍學生提供學歷教育勞務取得的收入，具體包括：經(jīng)有關部門審核批準，按規(guī)定標準收取的學費、住宿費、課本費、作業(yè)本費、伙食費、考試報名費收入。超過規(guī)定收費標準的收費以及學校以各種名義收取的贊助費、擇校費等超過規(guī)定范圍的收入，不屬于免征營業(yè)稅的教育勞務收入，一律按規(guī)定征稅。”
　　文件以正列舉的方式明確了對超過標準的上述6項收費以及除6項之外的其他各種形式的收費，如補課費、跨區(qū)費、擇校費、新入學學生的軍訓、飯卡、體檢、保險、住宿和洗澡等費用，都不屬于免稅收費，即使是符合條件的從事學歷教育的學校收取的上述費用，仍然需要繳納營業(yè)稅。
　　《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例》規(guī)定，“納稅人兼營免稅、減稅項目的，應當單獨核算免稅、減稅項目的營業(yè)額；未單獨核算營業(yè)額的，不得免稅、減稅。”
　　因此，學校在收取各項費用時，應將免征營業(yè)稅的收費與其他的各項收費分別核算，如果不分別核算的，免征營業(yè)稅的6項收費收費將不能免予征稅。
　　在收費票據(jù)的使用方面，財政部關于印發(fā)《行政事業(yè)性收費和政府性基金票據(jù)管理規(guī)定》的通知（財綜字[1998]104號）規(guī)定，“收費票據(jù)包括行政事業(yè)性收費票據(jù)和政府性基金票據(jù)，分為通用票據(jù)和專用票據(jù)兩類。通用票據(jù)是指滿足一般收費特點，具有通用性質的票據(jù)，適用于普通行政事業(yè)性收費。專用票據(jù)是指為適應特殊需要，具有特定式樣的專用性票據(jù)，適用于特定的行政事業(yè)性收費和政府性基金。專用票據(jù)分為定額專用票據(jù)和非定額專用票據(jù)兩種。”未按規(guī)定使用收費票據(jù)等違反收費票據(jù)管理規(guī)定的行為，“由財政部門或其委托的票據(jù)管理機構依法予以沒收，并可處以警告或罰款。對非經(jīng)營性活動中的違法行為，處以1000元以下罰款；對經(jīng)營性活動中的違法行為，有違法所得的，處以違法金額3倍以下不超過30000元的罰款，沒有違法所得的，處以10000元以下罰款。構成犯罪的，移交司法機關依法追究有關責任人員的刑事責任。”
　　按規(guī)定標準收取的學費、住宿費、課本費、作業(yè)本費、伙食費、考試報名費收入等6項收費屬于免征營業(yè)稅的收入，應開具財政部門印制的《行政事業(yè)收費專用收據(jù)》。
　　學校收取應稅項目時，應使用稅務發(fā)票。《中華人民共和國發(fā)票管理辦法》規(guī)定，“所有單位和從事生產、經(jīng)營活動的個人在購買商品、接受服務以及從事其他經(jīng)營活動支付款項時，應當向收款方取得發(fā)票。取得發(fā)票時，不得要求變更品名和金額。不符合規(guī)定的發(fā)票，不得作為財務報銷憑證，任何單位和個人有權拒收。對于未按照規(guī)定取得發(fā)票等違反發(fā)票管理法規(guī)的行為，由稅務機關責令限期改正，沒收非法所得，可以并處1萬元以下的罰款。”