企業(yè)申請研發(fā)費用加計扣除，根據(jù)國稅發(fā)[2008]116號文規(guī)定，適用研發(fā)費用加計扣除優(yōu)惠的納稅人指財務(wù)核算健全并能準確歸集研究開發(fā)費用的居民企業(yè)，該規(guī)定中所指財務(wù)核算健全要求企業(yè)必須對研究開發(fā)費用實行專賬管理，同時必須按照本辦法附表的規(guī)定項目，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研究開發(fā)費用實際發(fā)生金額；企業(yè)在一個納稅年度內(nèi)進行多個研究開發(fā)活動的，應(yīng)按照不同開發(fā)項目分別歸集可加計扣除的研究開發(fā)費用額。企業(yè)于年度匯算清繳所得稅申報時向主管稅務(wù)機關(guān)報送本辦法規(guī)定的相應(yīng)資料，申報的研究開發(fā)費用不真實或者資料不齊全的，不能享受研究開發(fā)費用加計扣除，主管稅務(wù)機關(guān)有權(quán)對企業(yè)申報的結(jié)果進行合理調(diào)整。其中企業(yè)研發(fā)費加計扣除在匯算清繳時需向主管稅務(wù)機關(guān)報送材料包括：
　　1.享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠申請表（包括研發(fā)項目登記號信息）；
　　2.委托研發(fā)項目受托方提供的研發(fā)費用支出明細情況；
　　3.集中開發(fā)項目研發(fā)費決算表、費用分攤表和實際分享收益比例等資料；
　　4.研究開發(fā)項目的效用情況說明、研究成果報告等資料；
　　5.《企業(yè)所得稅年度納稅申報表》相關(guān)附表；
　　6.稅務(wù)機關(guān)需要的其他資料。
符合規(guī)定的研發(fā)費用，在企業(yè)所得稅年度匯算清繳時，實行自行申報并加計扣除辦法?；玖鞒毯膫€步驟：
1.企業(yè)首先向主管稅務(wù)機關(guān)報送研發(fā)項目立項資料。報送當(dāng)年立項或變更當(dāng)年立項的研發(fā)項目資料的，可在當(dāng)年度內(nèi)隨時報送；報送上年立項或變更上年立項研發(fā)項目資料的，最遲截止期在次年3月底（2009年在4月底）前報送。
2.主管稅務(wù)機關(guān)在規(guī)定工作日內(nèi)，向企業(yè)編發(fā)告知書或是通知書。企業(yè)應(yīng)予以查收。
　　3.收到主管稅務(wù)機關(guān)編發(fā)的通知書的企業(yè)，應(yīng)在規(guī)定時間內(nèi)，到其稅務(wù)征管所屬對應(yīng)同級政府科技部門辦理鑒定，索取鑒定意見書，并將鑒定意見書送達主管稅務(wù)機關(guān)。
　　4.企業(yè)在辦理年度匯算清繳時，應(yīng)按研發(fā)項目分類，將實際發(fā)生的（國稅發(fā)[2008]116號）第四條規(guī)定的研發(fā)費用金額，填入《企業(yè)所得稅年度納稅申報表》等相關(guān)附表中，并計算加計扣除金額。同時向主管稅務(wù)機關(guān)報送相關(guān)資料。
其次，據(jù)規(guī)定允許企業(yè)集團合理分攤研發(fā)費，對企業(yè)集團根據(jù)生產(chǎn)經(jīng)營和科技開發(fā)的實際情況，對技術(shù)要求高、投資數(shù)額大，需要由集團公司進行集中開發(fā)的研究開發(fā)項目，其實際所發(fā)生的研究開發(fā)費，應(yīng)當(dāng)按照權(quán)利和義務(wù)、費用支出和收益分享一致的原則，合理確定研究開發(fā)費用的分攤方法，同時應(yīng)提供明確規(guī)定參與各方在該研究開發(fā)項目中的權(quán)利和義務(wù)、費用分攤方法等內(nèi)容的集中研究開發(fā)項目協(xié)議或合同，并由企業(yè)集團母公司負責(zé)編制集中研究開發(fā)項目的立項書、研究開發(fā)費用預(yù)算表、決算表和決算分攤表。