《專項審計指引》要求注冊會計師應(yīng)當(dāng)假定申報企業(yè)的高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出與高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入存在舞弊風(fēng)險；應(yīng)當(dāng)考慮申報企業(yè)管理層有可能存在為了申請高新技術(shù)企業(yè)資格以享受稅收優(yōu)惠政策的動機，導(dǎo)致高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出與高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入存在重大錯報風(fēng)險。

　　五、對與申報明細(xì)表相關(guān)的內(nèi)部控制制度的了解

　　《專項審計指引》勾畫了與申報明細(xì)表相關(guān)的內(nèi)部控制制度，強調(diào)了解這些內(nèi)部控制是識別、評估重大錯報風(fēng)險以及設(shè)計和實施進一步審計程序的基礎(chǔ)。

　　與高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入相關(guān)的內(nèi)部控制包含在企業(yè)產(chǎn)品或服務(wù)的銷售控制中，而如高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入與研究開發(fā)激勵或與銷售獎勵相關(guān)聯(lián)時，企業(yè)一般會設(shè)計或增加相應(yīng)的控制環(huán)節(jié)。注冊會計師審計時，需要了解申報企業(yè)能否確保銷售均已準(zhǔn)確記錄并對高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）進行恰當(dāng)分類。

　　在財務(wù)報表審計中，一般不專門提及與高新技術(shù)研究開發(fā)費用支出相關(guān)的內(nèi)部控制?！秾ｍ棇徲嬛敢窂娬{(diào)研究開發(fā)費用控制通常屬于申報企業(yè)費用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會計師在對研究開發(fā)費用控制進行了解時，需要考慮那些影響研究開發(fā)費用完整性、發(fā)生、準(zhǔn)確性和分類的控制點。同時，《專項審計指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務(wù)流程通常可能包括的主要活動，如立項和預(yù)算管理、人員管理、材料和設(shè)備管理以及結(jié)項管理等。

　　六、專項審計報告的審計

　　基于申請高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的目的，申報企業(yè)通常將最近三個會計年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和最近一年高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入明細(xì)表的專項審計同時委托給一家會計師事務(wù)所，《專項審計指引》要求，針對研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入明細(xì)表分別出具專項審計報告。

　　由于研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細(xì)表涉及三個會計年度，注冊會計師出具非標(biāo)準(zhǔn)專項審計報告時需要指明導(dǎo)致事項所對應(yīng)的會計年度。