根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》的通知》（國稅發(fā)[2008]28號以下簡稱《辦法》）、《國家稅務(wù)總局關(guān)于建筑企業(yè)所得稅征管有關(guān)問題的通知》（國稅函[2010]39號）以及《國家稅務(wù)總局關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營建筑企業(yè)所得稅征收管理問題的通知》（國稅函[2010]156號）精神，建筑企業(yè)（指居民企業(yè)，下同）總、分支機(jī)構(gòu)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市，下同）經(jīng)營時，其應(yīng)繳納的企業(yè)所得稅實行總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計算、總分支機(jī)構(gòu)分別繳納（預(yù)繳）的辦法，并從2010年1月1日起按以下方法辦理：

　　1、稅款繳納原則。實行總、分機(jī)構(gòu)體制的跨地區(qū)經(jīng)營建筑企業(yè)應(yīng)嚴(yán)格按照“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫”原則計算繳納企業(yè)所得稅，其中：

　　“統(tǒng)一計算”：是指企業(yè)總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計算包括企業(yè)所屬各個不具有法人資格的營業(yè)機(jī)構(gòu)、場所在內(nèi)的全部應(yīng)納稅所得額、應(yīng)納稅額。

　　“分級管理”：是指總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)都有對當(dāng)?shù)貦C(jī)構(gòu)進(jìn)行企業(yè)所得稅管理的責(zé)任，總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分別接受機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)的管理。

　　“就地預(yù)繳”：是指是指總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)應(yīng)按本辦法的規(guī)定，分月或分季分別向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報預(yù)繳企業(yè)所得稅。

　　“匯總清算”：是指在年度終了后，總機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)進(jìn)行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)當(dāng)年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補(bǔ)稅款。

　　“財政調(diào)庫”：是指財政部定期將繳入中央國庫的跨地區(qū)總分機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅待分配收入，按照核定的系數(shù)調(diào)整至地方金庫。

　　2、分級預(yù)繳辦法。

　?。?）總機(jī)構(gòu)和具有主體經(jīng)營職能的二級分支機(jī)構(gòu)，就地分月或分季分別向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報預(yù)繳企業(yè)所得稅。二級分支機(jī)構(gòu)及其下屬機(jī)構(gòu)均由二級分支機(jī)構(gòu)集中就地預(yù)繳企業(yè)所得稅；三級及以下分支機(jī)構(gòu)不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅，其經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計入二級分支機(jī)構(gòu)，即：建筑企業(yè)所屬二級或二級以下分支機(jī)構(gòu)直接管理的項目部和跨地區(qū)設(shè)立的不符合二級分支機(jī)構(gòu)條件的項目經(jīng)理部（包括與項目經(jīng)理部性質(zhì)相同的工程指揮部、合同段等），應(yīng)匯總到總機(jī)構(gòu)或二級分支機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計算繳納企業(yè)所得稅。

　　（2）總機(jī)構(gòu)只設(shè)跨地區(qū)項目部或既有直接管理的跨地區(qū)項目部，又有跨地區(qū)二級分支機(jī)構(gòu)的，先扣除已由項目部預(yù)繳的企業(yè)所得稅后，再按計算總、分支機(jī)構(gòu)應(yīng)繳納的稅款。