（5）從有關(guān)部門和母公司取得的研究開發(fā)費(fèi)專項(xiàng)撥款。企業(yè)取得國家財政撥款并納入不征稅收入的研究開發(fā)費(fèi)用，以及從有關(guān)部門和母公司取得的研究開發(fā)費(fèi)專項(xiàng)撥款，在計算研發(fā)費(fèi)用加計扣除時應(yīng)予以剔除。

第二，注意研發(fā)項(xiàng)目確認(rèn)的立項(xiàng)要求。在會計核算層面，研發(fā)費(fèi)用指企業(yè)在產(chǎn)品、技術(shù)、材料、工藝、標(biāo)準(zhǔn)的研究、開發(fā)過程中發(fā)生的各項(xiàng)費(fèi)用。對研發(fā)項(xiàng)目的立項(xiàng)基本無門檻，只要企業(yè)內(nèi)部管理層認(rèn)可就可立項(xiàng)。而稅法規(guī)定的稅前可加計扣除的項(xiàng)目，僅限于企業(yè)從事《國家重點(diǎn)支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》和國家發(fā)展改革委員會等部門公布的《當(dāng)前優(yōu)先發(fā)展的高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重點(diǎn)領(lǐng)域指南》研究開發(fā)活動。

第三，申請研發(fā)費(fèi)用加計扣除必須把握3個環(huán)節(jié)。根據(jù)規(guī)定，企業(yè)享受研究開發(fā)費(fèi)用稅前加計扣除政策一般包括項(xiàng)目確認(rèn)、項(xiàng)目登記和加計扣除3個環(huán)節(jié)。具體地說，項(xiàng)目確認(rèn)環(huán)節(jié)指企業(yè)研究開發(fā)的項(xiàng)目需向政府（省轄市、縣及縣級市）以上科技部門或經(jīng)信委申請項(xiàng)目確認(rèn)，政府科技部門或經(jīng)信委進(jìn)行審核并出具《企業(yè)研究開發(fā)項(xiàng)目確認(rèn)書》后，由政府科技部門或經(jīng)信委等部門連同申請資料一同提交同級主管稅務(wù)機(jī)關(guān)；項(xiàng)目登記環(huán)節(jié)指稅務(wù)機(jī)關(guān)取得《企業(yè)研究開發(fā)項(xiàng)目確認(rèn)書》后，對無異議或不予登記的項(xiàng)目，向企業(yè)出具《企業(yè)研發(fā)項(xiàng)目登記信息告知書》，告知項(xiàng)目登記號或不予登記的原因；加計扣除環(huán)節(jié)指已取得稅務(wù)機(jī)關(guān)登記并發(fā)放《企業(yè)研究開發(fā)項(xiàng)目登記信息告知書》的企業(yè)，享受研究開發(fā)費(fèi)用加計扣除時，應(yīng)在企業(yè)所得稅年度納稅申報前按規(guī)定進(jìn)行備案。在企業(yè)所得稅年度納稅申報時，企業(yè)對已經(jīng)登記的研發(fā)項(xiàng)目所發(fā)生的研發(fā)費(fèi)用享受稅法規(guī)定加計扣除優(yōu)惠政策。

第四，注意報送相關(guān)涉稅資料的要求。根據(jù)規(guī)定，對企業(yè)申報研究開發(fā)費(fèi)用加計扣除的資料包括：稅務(wù)機(jī)關(guān)發(fā)放的《企業(yè)研究開發(fā)項(xiàng)目登記信息告知書》，《研究開發(fā)項(xiàng)目可加計扣除研究開發(fā)費(fèi)用情況歸集表》，《研究開發(fā)費(fèi)用支出明細(xì)表(委托開發(fā)項(xiàng)目填報)》；如果是集中開發(fā)項(xiàng)目，需同時報送研究開發(fā)費(fèi)決算表、費(fèi)用分?jǐn)偙砗蛯?shí)際分享收益比例等資料；還有具有資質(zhì)的中介機(jī)構(gòu)出具的專項(xiàng)鑒證報告。

第五，注意匯繳申報的納稅調(diào)整。企業(yè)實(shí)際發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用，在年度中間預(yù)繳申報時，允許據(jù)實(shí)扣除，在報送稅務(wù)機(jī)關(guān)備案確認(rèn)后進(jìn)行年度匯繳申報時，才能對符合稅法要求的研發(fā)費(fèi)進(jìn)行加計扣除，調(diào)減當(dāng)期應(yīng)納稅所得額。因此，納稅人在預(yù)繳申報時不得自行加計扣除。若納稅調(diào)整后的所得小于零，其因享受加計扣除而形成的虧損額或擴(kuò)大的虧損額，可以按稅法規(guī)定在其后的5年內(nèi)進(jìn)行彌補(bǔ)。