在會(huì)計(jì)核算方面，增值稅納稅企業(yè)比營(yíng)業(yè)稅納稅企業(yè)更為復(fù)雜，要求也更加嚴(yán)格。營(yíng)業(yè)稅依據(jù)各項(xiàng)收入和對(duì)應(yīng)的稅率就可以計(jì)算出應(yīng)納稅額，而增值稅在計(jì)算應(yīng)納稅額的時(shí)候就更加復(fù)雜，需要準(zhǔn)確核算各類收入和“應(yīng)繳稅金——應(yīng)交增值稅”下的各個(gè)明細(xì)賬，如果會(huì)計(jì)核算不健全，就不允許抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，這必然要加重企業(yè)的稅收負(fù)擔(dān)，部分“營(yíng)改增”企業(yè)就是因?yàn)槲茨芗皶r(shí)適應(yīng)“營(yíng)改增”的轉(zhuǎn)變，在會(huì)計(jì)核算上不健全，導(dǎo)致不允許抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。

　　根據(jù)《增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第三十四條和《交通運(yùn)輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營(yíng)業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)實(shí)施辦法》第二十九條之規(guī)定，“有下列情形之一者，應(yīng)當(dāng)按照銷售額和增值稅稅率計(jì)算應(yīng)納稅額，不得抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，也不得使用增值稅專用發(fā)票：（一）一般納稅人會(huì)計(jì)核算不健全，或者不能夠提供準(zhǔn)確稅務(wù)資料的。”如果增值稅一般納稅人企業(yè)會(huì)計(jì)核算不健全，稅務(wù)機(jī)關(guān)有權(quán)決定不允許企業(yè)抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，也不得使用增值稅專用發(fā)票，還要按照銷售額和增值稅稅率計(jì)算應(yīng)納稅額，這將對(duì)企業(yè)的經(jīng)營(yíng)和稅負(fù)造成重大的影響，因此企業(yè)一定要重視和健全會(huì)計(jì)核算。

　　對(duì)于健全會(huì)計(jì)核算問(wèn)題，有關(guān)法律法規(guī)都作了相應(yīng)的規(guī)定。根據(jù)《增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第三十二條的規(guī)定，會(huì)計(jì)核算健全是指能夠按照國(guó)家統(tǒng)一的會(huì)計(jì)制度規(guī)定設(shè)置賬簿，根據(jù)合法、有效憑證核算。《稅收征收管理法實(shí)施細(xì)則》第二十二條規(guī)定：“從事生產(chǎn)、經(jīng)營(yíng)的納稅人應(yīng)當(dāng)自領(lǐng)取營(yíng)業(yè)執(zhí)照或者發(fā)生納稅義務(wù)之日起１５日內(nèi)，按照國(guó)家有關(guān)規(guī)定設(shè)置賬簿。前款所稱賬簿，是指總賬、明細(xì)賬、日記賬以及其他輔助性賬簿?？傎~、日記賬應(yīng)當(dāng)采用訂本式。”《會(huì)計(jì)法》第三條規(guī)定：“各單位必須依法設(shè)置會(huì)計(jì)賬簿，并保證其真實(shí)、完整。”第十五條規(guī)定：“會(huì)計(jì)賬簿登記，必須以經(jīng)過(guò)審核的會(huì)計(jì)憑證為依據(jù)，并符合有關(guān)法律、行政法規(guī)和國(guó)家統(tǒng)一的會(huì)計(jì)制度的規(guī)定。會(huì)計(jì)賬簿包括總賬、明細(xì)賬、日記賬和其他輔助性賬簿。”

　　在稅務(wù)執(zhí)法實(shí)踐過(guò)程中，如果企業(yè)在財(cái)務(wù)核算上存在如下問(wèn)題，就可能要認(rèn)定為會(huì)計(jì)核算不健全：一是賬務(wù)設(shè)置過(guò)于簡(jiǎn)化，尤其是稅法明確規(guī)定應(yīng)當(dāng)設(shè)置而未設(shè)置的有關(guān)賬簿，無(wú)法滿足申報(bào)納稅的必備明細(xì)核算需求；二是不能按照會(huì)計(jì)制度和稅法的要求準(zhǔn)確核算成本、收入、費(fèi)用、應(yīng)繳稅金等各級(jí)各類賬簿的有關(guān)數(shù)據(jù)，尤其是不能準(zhǔn)確核算增值稅的銷項(xiàng)稅額、進(jìn)項(xiàng)稅額和應(yīng)納稅額；三是會(huì)計(jì)科目邏輯關(guān)系混亂，對(duì)應(yīng)關(guān)系出現(xiàn)差錯(cuò)；三是有關(guān)會(huì)計(jì)數(shù)據(jù)在原始憑證、記賬憑證、明細(xì)賬、總賬、會(huì)計(jì)報(bào)表和申報(bào)表之間缺乏邏輯對(duì)應(yīng)關(guān)系；四是缺乏原始憑證或者原始憑證不符合規(guī)定要求。