5月12日，國家稅務總局下發(fā)了《土地增值稅清算管理規(guī)程》（國稅發(fā)〔2009〕91號），這是國家稅務總局在原來下發(fā)的《關于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅 清算管理有關問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）和《土地增值稅清算業(yè)務準則》（國稅發(fā)〔2007〕132號）基礎上，總結完善的最新的清算政 策，新政策從2009年6月1日起施行。筆者認為，納稅人應該關注以下幾個方面。
　　清算前管理力度加大
　　一是實施項目管理。主管稅務機關將從納稅人取得土地使用權開始，按項目分別建立檔案、設置臺賬，對納稅人項目立項、規(guī)劃設計、施工、預售、竣工驗收、 工程結算、項目清盤等房地產(chǎn)開發(fā)全過程情況實行跟蹤監(jiān)控，做到稅務管理與納稅人項目開發(fā)同步。二是關注會計核算。納稅人分期開發(fā)項目或者同時開發(fā)多個項目 的，稅務機關將督促納稅人根據(jù)清算要求按不同期間和不同項目合理歸集有關收入、成本、費用。三是實施專用票據(jù)。納稅人分期開發(fā)項目或者同時開發(fā)多個項目 的，主管稅務機關可結合發(fā)票管理規(guī)定，對納稅人實施項目專用票據(jù)管理措施。也就是說，稅務機關可以根據(jù)不同的開發(fā)項目，實行專用預售票據(jù)和專用銷售票據(jù)。
　　清算分為“自行清算”和“要求清算”兩種
　　對于自行清算的，納稅人必須按照規(guī)定的時間和要求主動清算；對于要求清算的，納稅人應在收到稅務機關書面通知的情況下，再按規(guī)定清算，也可以理解為不 通知不清算。納稅人符合下列條件之一的，要自行進行土地增值稅的清算：（1）房地產(chǎn)開發(fā)項目全部竣工、完成銷售的；（2）整體轉讓未竣工決算房地產(chǎn)開發(fā)項 目的；（3）直接轉讓土地使用權的。
　　對符合以下條件之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：（1）已竣工驗收的房地產(chǎn)開發(fā)項目，已轉讓的房地產(chǎn)建筑面積占整個項目可售建筑 面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的；（2）取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；（3）納 稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的（應在辦理注銷登記前進行土地增值稅清算）；（4）?。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市、計劃單列市）稅務機關規(guī)定的其 他情況。
　　無論是自行清算還是要求清算，納稅人應當在滿足條件之日起90日內(nèi)或在收到清算通知之日起90日內(nèi)到主管稅務機關辦理清算手續(xù)。主管稅務機關受理納稅 人清算資料后，應在一定期限內(nèi)及時組織清算審核。清算審核結束，稅務機關應當將審核結果書面通知納稅人，并確定辦理補、退稅期限。
　　明確規(guī)定項目清算單位
　　以什么為清算單位是涉及稅收負擔大小的關鍵。如果將增值額較大的清算單位和較小的合并清算，則可以降低稅負；如果分開清算，則增值額較大的開發(fā)項目納 稅多，總的納稅負擔會增加。稅法還規(guī)定，普通標準住宅增值額不超過20%的，可以享受免稅優(yōu)惠，但要求分開核算，否則不能免稅。
　　舉例：某房地產(chǎn)開發(fā)公司開發(fā)商住混合樓項目，商業(yè)項目面積1000平方米，普通標準住宅面積為5000平方米，合計6000平方米。該混合樓項目土地 成本為120萬元，房屋開發(fā)成本600萬元，其他費用按比例扣除。假如該商業(yè)項目收入為500萬元，普通標準住宅收入為500萬元，合計1000萬元。營 業(yè)稅金及附加55萬元。
　　（1）商鋪和住宅合并一個單位計算土地增值稅：扣除項目＝土地成本＋房屋開發(fā)成本＋費用扣除10％＋加計扣除20％＋稅金＝120＋600＋（120＋600）×10％＋（120＋600）×20％＋55＝991（萬元）。
　　增值額＝收入－扣除項目＝（500＋500）－991＝9（萬元）。增值率＝增值額÷扣除項目×100％＝9÷991×100%＝0.9％。低于50%，適用30%的稅率。應納的土地增值稅：9×30％＝2.7（萬元）。
　?。?）將普通住宅和商鋪分為兩個清算單位計算土地增值稅（按面積分攤成本費用）：普通標準住宅扣除項目 為＝120×5000÷6000＋600×5000÷6000＋（100＋500）×30%＋27.5＝807.5（萬元）。增值 額＝500－807.5＝－307.5（萬元），無增值額不納稅。
　　商業(yè)扣除項目＝120×1000÷6000＋600×1000÷6000＋（20＋100）×30%＋27.5＝183.5（萬元）；增值 額＝500－183.5＝316.5（萬元）；增值率＝316.5÷183.5×100%＝172%，適用50%的稅率；商業(yè)項目應納土地增值 稅＝316.5×50%－183.5×15%＝130.725（萬元）。