第二階段從2003年到2009年。執(zhí)行增值稅一般納稅人申請抵扣的防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票，必須自該專用發(fā)票開具之日起90日內(nèi)到稅務(wù)機關(guān)認證，否則不予抵扣進項稅額的政策。在此階段，解決了第一階段存在的問題，對于可抵扣增值稅進項稅額的條件界定為“發(fā)票開具之日起90日內(nèi)”和“并到稅務(wù)機關(guān)認證”兩個條件，充分體現(xiàn)了“以票控稅”的管理思路，但由于有些企業(yè)從業(yè)務(wù)部門到財務(wù)部門的流程時間較長，常常出現(xiàn)增值稅專用發(fā)票由于過期認證兒無法抵扣的問題，造成了企業(yè)增值稅虛增而多繳稅金的問題。

　　第三階段從2010年開始至今。執(zhí)行企業(yè)開具的增值稅專用發(fā)票、公路內(nèi)河貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票和機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票，應(yīng)在開具之日起180日內(nèi)到稅務(wù)機關(guān)辦理認證，并在認證通過的次月申報期內(nèi)，向主管稅務(wù)機關(guān)申報抵扣進項稅額政策。在此階段，盡管認證抵扣的時限由90天調(diào)整為180天，卻依然保持著“以票控稅”的管理思路，對于企業(yè)發(fā)生的真實交易，但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期而不能進行增值稅抵扣的問題沒有解決。

　　此次下發(fā)的50號公告規(guī)定：對增值稅一般納稅人發(fā)生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經(jīng)主管稅務(wù)機關(guān)審核、逐級上報，由國家稅務(wù)總局認證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續(xù)抵扣其進項稅額。對此，我們應(yīng)該理解為，增值稅進項稅額抵扣政策從單純的“以票控稅”的管理思路，調(diào)整為對于真實交易行為逾期增值稅扣稅憑證抵扣可以抵扣的政策，并為此制定了《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》。

　　50號公告是一個比較寬泛的政策

　　50號公告明確，對增值稅一般納稅人發(fā)生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經(jīng)主管稅務(wù)機關(guān)審核、逐級上報，由國家稅務(wù)總局認證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續(xù)抵扣其進項稅額。

　　對于客觀原因的界定，公告明確有以下6個方面：（1）因自然災(zāi)害、社會突發(fā)事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；（2）增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導(dǎo)致逾期；（3）有關(guān)司法、行政機關(guān)在辦理業(yè)務(wù)或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務(wù)，或者稅務(wù)機關(guān)信息系統(tǒng)、網(wǎng)絡(luò)故障，未能及時處理納稅人網(wǎng)上認證數(shù)據(jù)等導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期；（4）買賣雙方因經(jīng)濟糾紛，未能及時傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點，注銷舊戶和重新辦理稅務(wù)登記的時間過長，導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期；（5）由于企業(yè)辦稅人員傷亡、突發(fā)危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續(xù)，導(dǎo)致增值稅扣稅憑證逾期；（6）國家稅務(wù)總局規(guī)定的其他情形。