（2）研發(fā)費(fèi)用未按項(xiàng)目進(jìn)行明細(xì)核算。一些企業(yè)沒有建立與研究開發(fā)相關(guān)的內(nèi)部控制制度，在研發(fā)費(fèi)用的日常會(huì)計(jì)核算上，不少企業(yè)通常只設(shè)置研發(fā)費(fèi)用總賬，并未按研發(fā)項(xiàng)目設(shè)立明細(xì)賬進(jìn)行明細(xì)核算。但在出具認(rèn)定專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告時(shí)，需要提供每一個(gè)研究開發(fā)項(xiàng)目的具體研究開發(fā)費(fèi)用金額。因此，在核定研發(fā)費(fèi)用時(shí)，就需要對(duì)認(rèn)定企業(yè)的研發(fā)費(fèi)用重新按照項(xiàng)目進(jìn)行分類核算，逐項(xiàng)加以認(rèn)定，給審計(jì)人員增加了不少工作量。同時(shí)，也對(duì)其專業(yè)勝任能力提出了很高的要求。尤其在企業(yè)高新技術(shù)項(xiàng)目較多的情況下，分項(xiàng)核算認(rèn)定就顯得更為繁瑣。

　?。?）研發(fā)費(fèi)用分配標(biāo)準(zhǔn)有時(shí)難以合理確定。在《管理工作指引》中，并沒有給出研發(fā)費(fèi)用在各項(xiàng)目間分配的具體標(biāo)準(zhǔn)。不少企業(yè)和事務(wù)所反映，研發(fā)費(fèi)用分配標(biāo)準(zhǔn)的合理確定有時(shí)比較困難。主要體現(xiàn)在：①企業(yè)多個(gè)研發(fā)項(xiàng)目共用一些研發(fā)設(shè)備與儀器，折舊費(fèi)用在各項(xiàng)目間的分?jǐn)傄罁?jù)不好確定。②企業(yè)存在多個(gè)研發(fā)項(xiàng)目，但沒有研發(fā)人員明確的項(xiàng)目分工，也沒有其詳細(xì)的考勤記錄，研發(fā)人員的人工支出在各項(xiàng)目間的分?jǐn)倶?biāo)準(zhǔn)很難確定。③研發(fā)費(fèi)用往往按人為估計(jì)的比例分?jǐn)?，科學(xué)與否往往很難確定。由于研發(fā)費(fèi)用在各項(xiàng)目間的分配存在較大的難度，不少認(rèn)定企業(yè)在研發(fā)費(fèi)用分配標(biāo)準(zhǔn)的具體確定上過于隨意。

　　3.高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入的確認(rèn)。不少事務(wù)所反映，《管理工作指引》對(duì)高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入的界定不夠具體細(xì)致，只是明確了相應(yīng)的概念，并未給出具體的確認(rèn)標(biāo)準(zhǔn)。在執(zhí)業(yè)過程中，高新技術(shù)收入的確認(rèn)存在一定困難，尤其對(duì)高新技術(shù)產(chǎn)品收入往往拿不準(zhǔn)。比如，中間產(chǎn)品（服務(wù)）收入是否屬于高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入；科技開發(fā)型企業(yè)收到的相關(guān)部門的課題經(jīng)費(fèi)，該如何確認(rèn)收入。又比如，研發(fā)項(xiàng)目往往有許多輔助人員參與，其工資是否計(jì)入研發(fā)人員的人工成本。

　　另外，《管理辦法》中提到，提出認(rèn)定申請(qǐng)的企業(yè)，其高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入應(yīng)當(dāng)占當(dāng)年總收入的60%以上。但《管理辦法》并未闡明總收入的具體內(nèi)涵（比如是否包括投資收益、補(bǔ)貼收入和營業(yè)外收入等），容易引發(fā)歧義。

 　　4.《管理辦法》和《管理工作指引》的某些規(guī)定有待商榷。企業(yè)收入增長可能會(huì)出現(xiàn)負(fù)數(shù)，如果評(píng)價(jià)企業(yè)增長的指標(biāo)（如資產(chǎn)增長率、收入增長率）過于硬性化，可能使一些很有潛力的企業(yè)被拒之門外；在研發(fā)項(xiàng)目的技術(shù)判定上，講述得不夠具體、細(xì)致，對(duì)有關(guān)指標(biāo)的計(jì)算也規(guī)定得比較模糊，審計(jì)人員較難判定企業(yè)的在研項(xiàng)目是否確為高新技術(shù)項(xiàng)目。