分支機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)有權(quán)對其主管分支機(jī)構(gòu)計(jì)算分?jǐn)偠惪畋壤娜齻€(gè)因素、計(jì)算的分?jǐn)偠惪畋壤蛻?yīng)分?jǐn)偫U納的所得稅稅款進(jìn)行查驗(yàn)核對;對查驗(yàn)項(xiàng)目有異議的，應(yīng)于收到匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表后30日內(nèi)向企業(yè)總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)提出書面復(fù)核建議，并附送相關(guān)數(shù)據(jù)資料?？倷C(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)必須于收到復(fù)核建議后30日內(nèi)，對分?jǐn)偠惪畹谋壤M(jìn)行復(fù)核，作出調(diào)整或維持原比例的決定，并將復(fù)核結(jié)果函復(fù)分支機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)。復(fù)核期間，分支機(jī)構(gòu)應(yīng)先按總機(jī)構(gòu)確定的分?jǐn)偙壤陥?bào)繳納稅款。
　　(三)匯總納稅企業(yè)的資產(chǎn)損失申報(bào)和優(yōu)惠事項(xiàng)申請
　　匯總納稅企業(yè)發(fā)生資產(chǎn)損失，應(yīng)按規(guī)定由總機(jī)構(gòu)和二級(jí)分支機(jī)構(gòu)分別向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)進(jìn)行專項(xiàng)申報(bào)和清單申報(bào)，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)強(qiáng)化對企業(yè)申報(bào)扣除的資產(chǎn)損失進(jìn)行后續(xù)跟蹤管理。
　　匯總納稅企業(yè)原則上由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)優(yōu)惠事項(xiàng)的審(核)批或者備案手續(xù);對于按照稅收法律、法規(guī)和其他規(guī)定，由分支機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)管理的企業(yè)所得稅優(yōu)惠事項(xiàng)，分支機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)加強(qiáng)審批(核)、備案管理，并通過評(píng)估、檢查和臺(tái)賬管理等手段，加強(qiáng)后續(xù)管理。
　　(四)匯總納稅企業(yè)的監(jiān)督檢查
　　57號(hào)公告實(shí)施后，充分考慮了匯總納稅企業(yè)的特點(diǎn)，明確分別由總分機(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)加強(qiáng)日常監(jiān)督和檢查。
　　跨省市匯總納稅企業(yè)的總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)可以對企業(yè)自行實(shí)施稅務(wù)檢查，也可以與二級(jí)分支機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)聯(lián)合實(shí)施稅務(wù)檢查。總機(jī)構(gòu)應(yīng)將查補(bǔ)所得稅款(包括滯納金、罰款，下同)的50%按照規(guī)定計(jì)算的分?jǐn)偙壤?，分?jǐn)偨o各分支機(jī)構(gòu)繳納，50%分?jǐn)偨o總機(jī)構(gòu)繳納。
　　二級(jí)分支機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)配合總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對其主管二級(jí)分支機(jī)構(gòu)實(shí)施稅務(wù)檢查，也可以自行對該二級(jí)分支機(jī)構(gòu)實(shí)施稅務(wù)檢查。其查補(bǔ)所得稅款的50%分?jǐn)偨o總機(jī)構(gòu)繳納，50%分?jǐn)偨o該二級(jí)分支機(jī)構(gòu)就地辦理繳庫。
　　上述稅款分?jǐn)偳闆r應(yīng)由被查機(jī)構(gòu)填寫匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核后，連同稅務(wù)檢查結(jié)論，由接受分?jǐn)倷C(jī)構(gòu)(總機(jī)構(gòu)或分支機(jī)構(gòu))向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)備。
　　跨地市的匯總納稅企業(yè)的管征辦法尚未出臺(tái)，但據(jù)悉管征模式將類似于跨省市的匯總納稅管理模式。